Tendo como finalidade «ajudar a maturação humana e cristã dos adolescentes que mostrem trazer dentro de si o gérmen da vocação ao sacerdócio ministerial», o Seminário do Bom Pastor procura que a vida quotidiana espelhe este objetivo.

Tradicionalmente, esta finalidade é desdobrada no desenvolvimento de quatro dimensões: a dimensão humana, espiritual, intelectual e pastoral.

A dimensão intelectual é desenvolvida no Colégio de Ermesinde, que dista pouca distância do seminário, onde cada aluno completa o seu ciclo de estudos. Dentro das necessidades, o seminário tenta corresponder, também, no acompanhamento do estudo de cada aluno. Uma boa parte do tempo dos alunos é passada no colégio, pelo que, o restante tempo passado no seminário é organizado em função do horário de cada aluno.

A dimensão humana é trabalhada todos os dias, desde logo, pela exigência decorrente da vida em comunidade que exige horários, envolvimento nas tarefas diárias, «respeito e preocupação pelos outros, sinceridade e a lealdade diante de si e dos outros, o progressivo desenvolvimento afetivo, a predisposição a viver em comunidade, a capacidade de cultivar amizades fraternas, o bom grau de responsabilidade relativamente aos deveres pessoais e aos compromissos confiados, a criatividade o espírito de iniciativa, o justo uso da liberdade» (RFIS 20). Estruturalmente, o seminário propõe, ainda, outras instâncias de desenvolvimento humano como seja o acompanhamento por parte de uma psicóloga, a leitura, a música, o canto, o desporto, os ateliers que, conjugado com as restantes atividades, tentam ser uma formação complementar para o crescimento integral de cada aluno.

A dimensão espiritual é trabalhada pelo desenvolvimento da interioridade de cada aluno, no encontro pessoal e comunitário com Jesus Ressuscitado. Esta dimensão desenvolve-se através da oração, donde se destaca a participação diária na eucaristia, a liturgia das horas, a adoração eucarística, a lectio divina ou algumas formas devocionais adaptadas a cada tempo litúrgico. Também a formação para o silêncio, nomeadamente nas manhãs de sábado, nas recoleções e nos retiros é um dos modos de trabalhar a dimensão espiritual. O acompanhamento espiritual e a formação espiritual [na manhã de sábado] são, depois, os eixos fundamentais que procuraram estruturar e sistematizar esta dimensão espiritual.

A dimensão pastoral, nesta fase da formação, não tem o peso que terá numa fase posterior. Porém, cada aluno deve pertencer a uma comunidade paroquial, estando inserido nalguma das suas realidades pastorais. Normalmente, esta inserção acontece na paróquia de origem de cada aluno, pelo que, a tarde de sábado e o dia de domingo são passados em casa, na paróquia de origem.

Exemplo de um dia no seminário:
7h levantar; 7h30 oração de laudes; 7h50 pequeno-almoço; aulas; 13h30 almoço; aulas / estudo / atividades; 19h15 eucaristia; 20h jantar; 20h30 recreio, jogos; 21h15 oração; 21h30 atividades / estudo / descanso.